Die Marienkirche gehörte zu den ersten Gemeinschaftsbauten aus der Zeit der Stadtentstehung Dessaus um 1180. Stadtsiegel aus dem 14. und 15. Jahrhundert zeigen Umrisse einer romanischen Kirche, die in Turm, Schiff und Apsis geteilt war. 1357 wurde erstmals die Bezeichnung »Marienkirche« genannt. Die Marienkirche war die Stadtkirche, die Angehörigen der fürstlichen Familie besuchten sie nicht. 1506 ließ Fürst Ernst die alte baufällige und enge Marienkirche abreißen. Der Grundstein zur neuen Kirche wurde am 25. Mai 1506 gelegt. Baumeister war der Ratsbaumeister von Halle Ulrich. Es entstand eine dreischiffige spätgotische Hallenkirche aus verputztem Ziegelwerk, deren Langhaus ohne Trennung in den Chor überging. Die Weihe der Marienkirche fand am 15. Oktober 1523 statt.