In den Jahren 1540/41 wurden die Stern- und Netzgewölbe eingezogen. Weil der alte romanische Westturm zu niedrig war, um wirkungsvoll den Türmerdienst zu gewährleisten, erhielt er 1550 ein neues, schwereres Stockwerk. Da die Statik nicht genug beachtet worden war, stürzte der Turm am 7. September 1550 ein. Ein neuer Westturm wurde 1551 bis 1554 durch den Steinmetz Ludwig Binder gebaut. Jetzt nutzte auch das Fürstenhaus die Schloss- und Stadtkirche. Bis ins 18. Jahrhundert hinein, verband ein Gang das Schloss und die Kirche. 1780 bis 1784 wurde der Innenraum durch Baudirektor Georg Christoph Hesekiel umfassend erneuert. 1856 wurden die Gewölbemalereien übertüncht, 1905/06 wieder frei gelegt. Die Marienkirche wurde durch die Bombenangriffe vom 28. Mai 1944 und am 7. März.1945 zerstört.