Nach der Auflösung des Philanthropinums überließ Fürst Franz das Palais zunächst dem Professor Christoph Friedrich Feder, der einige noch verbliebene, jetzt in der neu gegründeten Hauptschule unterrichtete Philanthropisten in einer Pensionsanstalt weiter versorgte. 1793 ging das Palais Dietrich durch Tausch gegen das »Kleine Schloss« am Markt zur »völlig freien Disposition« in den Besitz der Prinzessin Henriette Amalie (1720-1793), einer Tante des Fürsten Franz, über. Prinzessin Henriette Amalie zog Ende September 1793 in das Palais ein. Sie starb aber bereits am 5. Dezember 1793. Mit Henriette Amalies Tod begann die von ihr testamentarisch begründete »Fürstliche Amalienstiftung« ihre »wohltätige Wirksamkeit«. In ihren mündlichen Anweisungen auf dem Totenbett verfügte Henriette Amalie, dass das von ihr verordnete Institut der Amalienstiftung in den Nebengebäuden des Palais untergebracht, die Gottesdienste im Betsaal und die Aufsicht über das Palais und dessen Inventar dem Stiftungssekretär übertragen werden sollten. Weiterhin ordnete sie an, alles im Palais in dem Zustand zu belassen, in dem es sich bei ihrem Ableben befand, insbesondere ihre Gemälde-, Bücher-, Mineralien-, Muschel- und Münzsammlungen, die im Palais für die öffentliche Nutzung zur Verfügung stehen sollten. Mehr als 150 Jahre lang war das Palais Dietrich Sitz der Stiftungsverwaltung und zentraler Ort der Amalienstiftung, die wohl jeder bedürftige Einwohner der Stadt Dessau und des Dessauer Landes kannte. Den Hauptteil der Gemälde stellte die Stiftung 1927 der gerade gegründeten Anhaltischen Gemäldegalerie zur Verfügung. Die Räume im Obergeschoss des Palais Dietrich wurden dadurch frei und zu Wohnungen umgebaut. Im Frühjahr 1931 musste die Stiftung nach langem Streit mit dem Magistrat der Stadt Dessau aus verkehrstechnischen Gründen die Rampe vor dem Palais abreißen und durch die jetzige Freitreppe ersetzen lassen.